W ramach programów lekowych refundowane są kosztowne terapie z zastosowaniem innowacyjnych substancji czynnych. W 2018 roku sumaryczne wydatki NFZ na leki w tym trybie wyniosły
3,48 mld zł. W tym koszcie sfinansowano terapię dla ponad 131 tys. pacjentów. Największe wydatki poniesiono na program leczenia
raka piersi.